"Je pensais (a tord) que la GPL garantissait le respect du travail des développeurs en obligeant quiquonque qui agi sur sur le programme à laisser les sources"

Effectivement, ce n'est pas le but de la GPL. La GPL a pour but d'empêcher quelqu'un a garder les source lorsqu'il diffuse un programme à quelqu'un d'autre.
Dans votre cas, ce n'est pas le programme qui est diffusé, mais son résultat. Free n'a jamais diffusé le programme, vous avez malheureusement mélangé licence du programme et licence du résultat (la GPL ne protège pas le résultat, et c'est voulu).

Bon courage pour le changement de licence, c'est aussi pas simple
- il faut avoir l'autorisation de toutes les personnes ayant contribué au code, y compris ceux ayant écrit une ligne, excepté si vous leur avez demandé de céder leurs droits sur le code...
- Si il vous manque l'autorisation d'un seul contributeur, vous n'aurez pas le droit de changer de licence, car l'auteur ne vous aura pas autorisé à changer de licence. Le changement de licence sera (en plus d'être non moral) illégal.

Le mieux, et je crois que vous l'avez fait, et de rentrer en contact avec Free, et discuter. Mais surtout pas de dire que ce qu'il a fait est mal, car vous mentiriez : il vous a respecté, il a respecté les conditions que vous avez mises par écrit.
Ca marche souvent, à force de patience et de négociation, négociation oblige car vous demandez une chose à lui, et non l'inverse.