Normalement, tout devrais bien ce passer,quand tu voudra migrer, il te faudra taper une commande que je n'ai plus en tête (mais qui se trouve très facilement sur www.ubuntu-fr.org) et roulez jeunesse.

Enfin, on ne le répêtera jamais assez: faire des sauvegardes, parceque linux comme windows ou n'importe quel OS, trafiquer autant de trucs à la fois que lors d'une mise à jour de la distribution, ça marche souvent très bien et rarement mal.(mais des fois, quand même...)