Malheureusement Thunderbird utilise le vieux format "mailbox" pour stocker les mails. Dans ce format, tout un dossier est stocké dans un seul fichier ce qui fait que les utilisateurs qui ne structurent pas beaucoup leur mails se retrouvent avec des fichiers énormes (des fichiers > 1 Go sont courants) modifiés très souvent. C'est très dommageable pour l'efficacité des sauvegardes incrémentales et pour la sécurité des données. La corruption d'un seul fichier peut entraîner la perte de plusieurs centaines de mails.