Cinquante ans après le premier jeu dans le jeu et huit ans seulement après dans la vraie vie, la situation sur Mars est toujours aussi peu enviable. L'EDF, Earth Defense Force, fait peser une chape de plomb sur la planète rouge. Elle contrôle tout, l'économie, les libertés, le moindre des mouvements de la population de colons. Ces derniers ont fui la crise sur la Terre pour se retrouver esclave sur Mars... A vous de redresser les torts.