Décidément, les clusters ont la cote dans le milieu scientifique, allant parfois jusqu’à faire de l’ombre aux grands serveurs traditionnels lorsqu’il s’agit de répondre à des besoins de calcul intensif. Ainsi, ce n’est pas un hasard si, en début d’année, la communauté océanographique brestoise a choisi de troquer son bon vieux calculateur parallèle octoprocesseur SGI, hébergé à l’Ifremer (Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer), contre une grappe de neuf quadriprocesseurs Compaq ES45 (cluster SC45). A l’issue d’un appel d’offres européen qui reposait sur un cahier des charges comprenant une dizaine de tests applicatifs des équipements, et face à des compétiteurs tels que l’E10000 de Sun ou le Superdome de HP, les Alphaservers se sont démarqués grâce à leur modularité et à la puissance de leurs processeurs EV68, cadencés à 1 GHz.Dans ce contexte d’exploitation bien précis, le cluster a remporté la palme du calculateur parallèle le plus rapide. Tournant sous Tru64 Unix, ses différents n?”uds sont reliés entre eux grâce à un switch Quadrics. La configuration bénéficie d’une mémoire totale de 92 Go et d’une capacité de stockage de 2 To. Côté logiciels, LSF, de Platform Computing, gère les files d’attente et les priorités des travaux en mode batch. Totalview, d’Etnus, est utilisé pour la mise au point des programmes parallélisés, et Vampir, de Pallas, sert à optimiser leurs performances. Enfin, des bibliothèques de programmes mathématiques et graphiques facilitent le développement des codes scientifiques.
Un serveur partagé pour de multiples applications
Un lien Ethernet à 1 Gbit/s raccorde le SC45 au réseau de l’Ifremer, lui-même ouvert à Mégalis, le réseau régional breton à haut débit, à Renater (Réseau national de télécommunications pour la technologie, l’enseignement et la recherche) et à internet. De fait, le SC45 est rendu accessible aux différents partenaires de l’Ifremer, comme l’UBO/IUEM (université de Bretagne occidentale/Institut universitaire européen de la mer), l’EPSHOM (établissement principal du service hydrographique et océanographique de la marine), l’Ecole navale, et l’Ensieta (Ecole nationale supérieure des ingénieurs des études techniques d’armement). D’ici à quelques mois, un second calculateur frontal, implanté à l’UBO/IUEM, viendra renforcer l’actuel dispositif. Pour l’heure, le SC45 couvre des champs d’application tels que le calcul et la prédiction des courants côtiers, l’océanographie hauturière, la géophysique, la modélisation océanique et géomatique, et la bio-informatique. Car dans ce dernier domaine, par exemple, “les besoins en algorithmes et en comparaison de données sont importants, explique Didier Flament, chercheur à l’Ifremer. La bio-informatique doit son essor au séquençage du génome. Nous répertorions actuellement quatre-vingts génomes, et nous en attendons plus de quatre cents dans les toutes prochaines années.”L’identification des gènes s’appuyant essentiellement sur des mécanismes de comparaison de données, les besoins en puissance de traitement et de calcul sont énormes. Aujourd’hui, la base de données génomiques de l’Ifremer, Nymphea, ne pèse pas moins de 35 Go. Mais aussi puissant que soit le serveur, encore faut-il être en mesure d’en exploiter au mieux les ressources. C’est pourquoi Compaq a dû accompagner les chercheurs dans leurs travaux en leur donnant les directives nécessaires à l’adaptation et à l’optimisation de leurs programmes en mode parallèle.
🔴 Pour ne manquer aucune actualité de 01net, suivez-nous sur Google Actualités et WhatsApp.
