"Microsoft Hyper-V Server 2008" se charge de répartir les ressources physiques du matériel qui héberge les systèmes d'exploitation virtuels. Il permet aux machines virtuelles d'utiliser les ressources, pilotes et le matériel de la machine hôte sur lequel il est mis en œuvre. Cette application est principalement dédiée aux machines de test et de développement. R2 intègre principalement deux nouveaux outils, Live Migration et la Haute disponibilité. Le premier permet de migrer en direct, en "live", des machines virtuelles d'un serveur à un autre. La haute disponibilité, quand à elle, est représenté par une tolérance aux pannes avec redémarrage des machines virtuelles sur un autre nœud serveur sans intervention humaine.