CleanReg s'utilise en tant que programme de contrôle de la base de registre. CleanReg peut vous alerter en cas d'intrusion dans la base de registre et vous aider à nettoyer après la désinstallation de programmes ou de systèmes. CleanReg scanne les fichiers référencés dans la base de registre et fournit une méthode simple pour éliminer les références. Dans certains cas seule la référence doit être supprimée en éliminant le nom, et dans d'autres cas toute une clé de haut niveau doit être supprimée.