ClamWin permet d'examiner le contenu d'un dossier ou d'un lecteur entier pour y trouver d'éventuels virus. La mise à jour de la base de données des virus peut être mise à jour périodiquement, une fois par semaine ou bien une fois par heure. De nombreux paramétrages sont proposés comme le filtrage, il est ainsi possible d'exclure certains fichiers ou encore de rechercher un nom de fichier précis. ClamWin ne comporte pas de protection en temps réel, mais il peut être planifié, pour que des analyses spécifiques soient effectuées régulièrement chaque semaine ou bien à chaque heure. Si le poste n'est pas utilisé régulièrement, ClamWin peut vous avertir par courrier électronique à la découverte d'une infection.