Gwyddion est un outil destiné aux scientifiques habitués à travailler en microscopie. Ainsi vous pouvez importer les images à partir de votre microscope à sonde (AFM, MFM, STM, SNOM/NSOM). L'application est capable de visualiser les présentations polarisées, ombrées, logarithmiques, etc. Elle permet également d'effectuer des opérations courantes (rotation, redécoupage, inversion, etc.). De nombreux outils sont à votre disposition pour travailler sur vos données dans le meilleur des contextes (fonctions statistiques, analyses dimensionnelles, correction de données, calibrage des axes, etc.).