Prime95 peut être utilisé dans deux buts. Le logiciel permet tout d'abord de déterminer la puissance de calcul d'une machine en mathématiques à la recherche de nombres premiers. Il est ensuite possible de comparer ses résultats avec ceux publiés en ligne. Mais Prime95 ne se limite pas à l'évaluation des performances d'un ordinateur puisque le logiciel est également un client destiné au calcul distribué afin d'établir une liste des nombres premiers de Mersenne.