Tout au long des 70 niveaux de Fish Fillets vous devez arriver, en résolvant des casses-têtes, à faire sortir vos deux poissons de la pièce où ils sont enfermés. Attention, les deux poissons doivent pouvoir sortir tous les deux pour que le niveau soit accompli, sinon il faudra le recommencer. Les sauvegardes sont possibles, ce qui permet de ne pas avoir à recommencer le niveau si l'un des deux poissons meure. Notez que le jeu ne nécessite pas d'installation.