Le but de Bejeweled Deluxe est de former des lignes de trois gemmes, ou plus, afin de vider le plateau. Trois niveaux de difficulté sont proposés. Le jeu comporte deux modes, le premier permet d'accumuler le plus gros score tout en prenant son temps, tandis que le second requiert un nombre de point précis dans une durée limitée afin d'accéder au tableau suivant.