Totally Spies Academy vous plonge au coeur de la plus prestigieuse école d'espionnage au côté des plus célèbres Spies : Alex, Clover et Sam. Vous devrez au travers de 4 missions, composées de mini-jeux solos et multijoueurs, être la meilleure afin que Jerry, le chef du WOOHP (the World Organisation Of Human Protection) vous sélectionne et vous intègre dans son équipe. Vous pourrez personnaliser votre Spy à votre image ainsi que votre chambre au sein de l'académie.