Mini Ninjas est un jeu d’action dans lequel Hiro et les autres ninjas doivent affronter toutes sortes d'ennemis au cours de leur quête. Vous êtes Hiro, le plus jeune des Mini Ninjas et l'un des ninjas les plus prometteurs depuis plusieurs siècles. Le vil seigneur de guerre a transformé les animaux de la forêt en samouraïs et ceux-ci sont devenus archers, samouraïs, capitaines, boss ou autres créatures maléfiques. Il vous faudra maîtriser les pouvoirs de la nature, contrôler l'esprit des animaux et utiliser vos compétences incroyables de ninja pour libérer vos amis. Votre objectif est de rétablir l'harmonie dans le monde. Pour cela vous devez vaincre le vil seigneur de guerre avec l’aide de vos amis.