Ultimate Mortal Kombat 3 est un jeu de combat. Comme dans les précédents opus, le Mortal Kombat est un tournoi dans lequel les règles sont simples : un combat suivi d'une mise à mort de son adversaire avec des "fatalités" à la fin des deux rounds. Vous pouvez incarner de nombreux personnages des précédents épisodes et de nouveau (Jade, Smoke, Ermac, etc.).
Shao Kahn a réussi à pénétrer le Royaume de la Terre entrainant la mort de millions de personnes. Rayden a perdu ses pouvoirs et ne peux plus protéger la Terre. Shao Kahn en profite pour envoyer une armée de guerrier afin d’éradiquer tous les humains. Vous devez à tout prix protéger la Terre.