Dans un futur proche, un petit groupe d'humains exilés a été condamné à se battre pour la survie aux confins de la galaxie. Par une force militaire, l'espionnage et la tricherie, un gouvernement unifié Terran a maintenu une paix difficile. Alors que les réserves commencent à s'épuiser, ces nations confédérées regardent vers les mondes riches de leurs voisins extra-terrestres, les énigmatiques Protoss. Pour compliquer un peu plus la situation, il semble qu'une espèce meurtrière et précédemment inconnue appelée Zerg, ait envahi l'espace Protoss. Elle détruit tout sur son chemin. Le temps de la guerre est venu… En tant que chef militaire de votre espèce vous devez rassembler les ressources nécessaires pour entraîner et déployer vos forces pour les mener à la victoire. 30 missions uniques vous défieront à travers trois différentes campagnes alors que vous contrôlez le sort de la galaxie.