En 2084, vous dirigez une organisation secrète de défense de la planète Terre, contre une invasion extraterrestre. UFO : Alien Invasion est un jeu de stratégie au tour par tour, combinant des animations militaires réalistes et des effets spéciaux, dignes des films de science-fiction. Votre mission consiste donc à analyser la menace ennemie, à préparer vos équipes, à parfaire votre stratégie militaire, à passer à l'assaut et à protéger les civils que vous rencontrerez. 2 modes de jeu sont disponibles : Geoscape mode et Tactical mode. Le premier mode est particulièrement axé sur la gestion de la base et la stratégie militaire, tandis que le deuxième mode vous place au coeur de l'action, dans votre équipe de soldats.