System Cleaner vous permet de supprimer facilement les fichiers en double, les fichiers temporaires, et les fichiers du cache, ainsi que les entrées de registre invalides, les raccourcis sans cible, etc. Les fichiers indésirables peuvent être envoyés dans la corbeille, effacés, archivés ou déplacés vers un autre dossier. L'application dispose également d'un outil de défragmentation, d'un système de protection de votre vie privée (suppression des cookies, de l'historique de navigation, des sites visités, etc.), d'un gestionnaire de démarrage, d'un module de désinstallation des programmes, d'une fonction de restauration (en cas de suppression des données par erreur) et bien d'autres encore.