L'île Shadow Moses dans la baie de Fox Archipelago où sont stockées des armes nucléaires, est attaquée et capturée par les forces spéciales de Next génération menées par les membres de FOXHOUND.
Les terroristes ont la main sur des centaines d'ogives nucléaires et ils demandent au gouvernement d'échanger les restes du Big Boss. Ils avertissent que si leur demande n'est pas exécutée dans les 24 heures, il lanceront une ogive.
Vous incarnerez le vétéran des forces spéciales à la retraite : Solid Snake, alors qu'il est rappelé pour une mission top secret pour affronter le plus grand terroriste jamais vu sur Terre.
Votre mission est d'infiltrer la base, de sauver les otages et de tuer les terroristes. Vous n'aurez droit qu'à une paire de lunettes, à un paquet de cigarettes et à une attitude de mauvais garçon.