Mortal Kombat II est un jeu de combat. Comme dans le premier opus, le Mortal Kombat est un tournoi dans lequel les règles sont simples : un combat suivi d'une mise à mort de son adversaire avec des "fatalités" à la fin des deux rounds. Vous pouvez incarner de nombreux personnages (Baraka, Jax, Kitana, Kung Lao, Mileena, Reptile, Johnny Cage, Liu Kang, Sub-Zero, Scorpion, Shang Tsung et Raiden).
Vous avez reçu une invitation pour le tournoi Mortal Kombat qui se déroule cette fois-ci dans l’Outre Monde. Si le Royaume du Mal sort victorieux du tournoi, les forces maléfiques submergerons la Terre. Vous devez à tout prix empêcher cela.