Cortex Command est un jeu d'arcade futuriste en 2D. A l’aire de la cybernétique, il est habituel de séparer le corps et le cerveau. Vous êtes un cerveau, sans corps, en mesure de contrôler à distance différents types d'organismes à partir de votre bunker souterrain: clones, robots, vaisseaux spatiaux, des tourelles de défense, etc. Vous commencez la partie par la construction de votre propre bunker. Vous avez besoin récolter de l’or afin de financer l’achat de navires, de soldats, d’armes, des outils, etc. Le but du jeu est simple : conquérir la base adverse. Vous pouvez jouer seul contre l’ordinateur ou à plusieurs sur le même ordinateur.