Fugu facilite l'utilisation du service SFTP en ligne de commande puisqu'il permet de se connecter à ce type de serveur au sein d'une interface entièrement graphique. Désormais, il suffit de glisser les fichiers à transférer sur la fenêtre pour qu'ils soient envoyés. L'application affiche une prévisualisation des images.
Fugu supporte également les transferts de fichiers SCP et la création de tunnels SSH.