Dans les serveurs minces, tous les problèmes de dissipation thermique et de ventilation rencontrés dans les PC de bureau sont décuplés. Si la ventilation ne parvient pas à dissiper la chaleur dégagée par les composants, la panne est assurée (et commence généralement par les machines du haut de la baie, puisque la chaleur monte). Cela exige donc que la carte mère soit avant tout équipée de capteurs thermiques et de rotation des ventilateurs. En cas de défaillance d'un ventilateur, la machine peut ainsi être arrêtée automatiquement et/ou l'administrateur système prévenu d'urgence. Les critères de choix des composants vont à l'inverse de ceux des PC de bureau haut de gamme... mais sans qu'on puisse réduire la fréquence processeur, car on souhaite aussi des performances. C'est ensuite affaire de compromis entre un bus local à 400 MHz, un processeur lent et une ventilation modérée... ou un bus local à 533 (ou 800 MHz comme sur une machine de bureau) et un boîtier mieux ventilé, mais deux ou trois fois plus cher. Dans les deux cas, mieux vaut des composants d'excellente qualité, résistant bien à la montée en température.

Importateur et intégrateur des serveurs industriels Ordaline.

« Beaucoup de paramètres influent sur la qualité de la ventilation d'un boîtier 1U : le circuit de ventilation ; le nombre de ventilateurs et leur type, normaux ou à roulement à bille (plus silencieux et conçus pour fonctionner 40 000 h contre 20 000 h pour les premiers) ; la présence « d'escargots » (petites turbines forçant le circuit d'air) ; l'utilisation de nappes SCSI pliées, des câbles IDE ronds ou S-ATA pour faciliter la circulation de l'air ou encore l'éloignement des barrettes mémoires des zones de la carte mère qui chauffent. »