L'introduction du contrat de mission, initialement proposée par Syntec Informatique et aujourd'hui relayée par le rapport de Virville, suscite de vifs débats. Par ce « CDD allongé », dont la durée serait calée sur la vie du projet, les dirigeants de SSII espèrent parvenir à une plus grande flexibilité dans la gestion de leurs ressources humaines. Ce qui compenserait également le coût social des 35 heures.

De leur côté, les syndicats s'opposent à cette mesure, estimant qu'elle conduirait à une précarisation de la fonction informatique. Déchargé de son devoir de suivre l'évolution des compétences de ses salariés, le secteur s'apparenterait à du sous-intérim. Une nouvelle donne, qui pourrait profiter aux indépendants et aux salariés portés.